2024年5月15-17日|生物大數(shù)據(jù)時代的網絡藥理學研究模式學習班


在大數(shù)據(jù)背景下,隨著網絡藥理學的影響力和應用日益廣泛,網絡藥理學在理論分析、算法發(fā)展和實際應用等方面,面臨著重要的發(fā)展機遇和挑戰(zhàn)。整合臨床、實驗的海量數(shù)據(jù),結合科學驗證,揭示藥物對疾病的調控機制,是網絡藥理學研究的主要任務。

為更好地了解網絡藥理學的新進展,包括預測中藥靶標,了解疾病和證候的生物學基礎,中藥方劑的網絡調控機制,以及基于生物網絡的疾病和證候標志物的識別。這些研究呈現(xiàn)出計算、實驗和臨床相結合的趨勢,是未來中藥網絡藥理學研究的一個很有前途的方向。我中心智能計算事業(yè)部特舉辦“生物大數(shù)據(jù)時代的網絡藥理學研究模式研討班”。培訓班由我中心的一線分析工程師授課,通過技術講座結合實驗操作,展示應用實例,現(xiàn)場解答技術疑問,幫助學員拓展研究思路,提升科研水平和競爭力。
北京市基因測序與功能分析工程技術研究中心
云計算關鍵技術與應用北京市重點實驗室
工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓基地
北京市大數(shù)據(jù)教學實踐基地
日期 | 主題 | 內容 | 備注 |
第一天 | 主題1:網絡藥理學研究思路 | 1.網絡藥理學的發(fā)展歷程和研究現(xiàn)狀簡介
2.網絡藥理學SCI論文研讀分析 3.網絡藥理學的研究思路及技術路線 4.生物網絡的介紹 5.網絡分析介紹 |
理論 |
主題2:中藥有效成分查找和獲取 | 6.中藥有效成分及靶點查找和獲取
1)常用中藥數(shù)據(jù)及使用:TCMSP 2)中藥高通量實驗和參考數(shù)據(jù)庫:Herb 3)中醫(yī)藥證候關聯(lián)數(shù)據(jù)庫:SymMap 4)CTD數(shù)據(jù)庫 5)基于文獻的草藥成分和靶標數(shù)據(jù)庫:HIT 2.0 6)中醫(yī)藥百科全書數(shù)據(jù)庫:ETCM 7)中藥分子機制研究的在線生物信息學分析工具:BATMAN-TCM 7.中藥有效成分靶點預測的查詢及獲取 1)化合物與蛋白質互作:STITCH 2)中藥有效成分靶點的預測:SwissTargetPrediction 3)基于有效成分結構特征靶點預測:PharmMapper 4)中藥有效成分靶點的獲?。悍聪蛱摂M篩選方法 5)SuperPred 6)SEA數(shù)據(jù)庫 7)bSDTNBI數(shù)據(jù)庫 |
理論+
實戰(zhàn) |
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第二天 | 主題3:疾病相關基因的獲取 | 8.中藥所治療疾病的相關基因查找和獲取
1)人類疾病與基因遺傳變異數(shù)據(jù)庫:OMIM 2)疾病相關的基因與突變位點數(shù)據(jù)庫:DisGeNet 3)人類基因數(shù)據(jù)庫:Genecards 4)治療靶標數(shù)據(jù)庫:TTD 5)CTD數(shù)據(jù)庫 |
理論+
實戰(zhàn) |
主題4:R語言和差異基因及功能富集分析 | 9.R語言介紹
10.GO富集分析 11.KEGG富集分析 |
實戰(zhàn) | |
主題5:網絡藥理學數(shù)據(jù)整理及分析 | 12.韋恩圖的繪制
13.蛋白質互作網絡查詢和可視化分析:STRING 14.富集分析數(shù)據(jù)庫:DAVID 15.Metascape功能富集分析和信號通路富集分析 16.富集GO term BP,CC,MF三合一柱狀圖繪制 17.通路氣泡圖的繪制 18.相互作用可視化PyMOL |
理論+
實戰(zhàn) |
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第三天 | 主題6:網絡藥理學數(shù)據(jù)可視化 | 19.網絡分析軟件:Cytoscape
1)分析數(shù)據(jù)導入與導出 2)基本拓撲特征計算 3)重要節(jié)點識別 4)網絡拓撲指標含義 5)子網絡提取 6)網絡可視化 7)圖形導出 8)Cytoscape插件的安裝和使用 |
理論+
實戰(zhàn) |
20.?蛋白結構數(shù)據(jù)庫及結構數(shù)據(jù)的篩選和獲?。篜DB、Uniprot
21.?小分子化合物結構信息查詢:Pubchem、Drugbank 22.分子對接 1)對接軟件的介紹及安裝 2)小分子和蛋白結構文件的預處理 3)蛋白活性位點的確定 4)分子對接流程的介紹及實戰(zhàn) 5)分子對接結果相互作用分析及可視化 |
理論+
實戰(zhàn) |
注:內容以實際發(fā)生為準;若調,會提前通知。
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