RNA的結(jié)構(gòu)-功能研究是結(jié)構(gòu)生物學(xué)的前沿?zé)狳c(diǎn)和難點(diǎn)。由于RNA自身的柔性和分子量限制，應(yīng)用傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)方法，例如X射線晶體學(xué)、核磁共振或冷凍電鏡對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)研究非常困難。當(dāng)前，RNA的三維空間結(jié)構(gòu)信息還非常少。為研究RNA的結(jié)構(gòu)，可通過(guò)向RNA分子中位點(diǎn)特異性的引入一些探針或活性標(biāo)記物（例如，金納米顆粒， 順磁探針， 熒光探針等），引入新的研究手段（例如，X射線散射干涉，電子順磁共振，單分子熒光共振能量轉(zhuǎn)移等），發(fā)展RNA的整合結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究方案。

X射線散射干涉（X-ray scattering interferometry, XSI）是基于小角X射線散射技術(shù)（SAXS）的一種新的分子標(biāo)尺（molecular ruler）。通過(guò)向生物大分子位點(diǎn)特異性的標(biāo)記上單個(gè)或成對(duì)的金納米顆粒，通過(guò)SAXS實(shí)驗(yàn)，可提供20-400埃范圍內(nèi)的位點(diǎn)特異性距離信息，因而在生物大分子的結(jié)構(gòu)與動(dòng)態(tài)特性研究中具有極大潛力。目前蛋白質(zhì)和DNA的位點(diǎn)特異性標(biāo)記技術(shù)已有多種方案，而RNA，特別是長(zhǎng)鏈RNA的位點(diǎn)特異性標(biāo)記十分具有挑戰(zhàn)性。當(dāng)前， RNA的位點(diǎn)特異性標(biāo)記主要是通過(guò)固相化學(xué)合成實(shí)現(xiàn)的，這一方案通常對(duì)長(zhǎng)度小于100個(gè)核苷酸的RNA適用，因而，當(dāng)前XSI的應(yīng)用主要局限在短鏈RNA。

為突破位點(diǎn)特異性標(biāo)記RNA分子量限制的瓶頸，推廣XSI在長(zhǎng)鏈RNA結(jié)構(gòu)研究中的應(yīng)用，發(fā)展RNA整合結(jié)構(gòu)生物學(xué)方案，該文利用包含NaM-TPT3非天然堿基核苷酸對(duì)的拓展遺傳密碼體系，通過(guò)化學(xué)合成堿基帶有氨基修飾的TPT3（rTPT3A）（圖1A），經(jīng)過(guò)PCR和體外轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，在RNA中位點(diǎn)特異性的引入TPT3A，進(jìn)一步利用NHS-氨基化學(xué)反應(yīng)的高選擇性，通過(guò)與氨?；揎椀慕鸺{米顆粒反應(yīng)，建立了長(zhǎng)鏈RNA位點(diǎn)特異性金納米顆粒標(biāo)記的策略（圖1B）。

清華大學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心方顯楊研究員為本文的通訊作者。清華大學(xué)生命學(xué)院2016級(jí)PTN博士生王巖為本文的第一作者。清華大學(xué)生命學(xué)院2014級(jí)本科生陳垚宜（現(xiàn)在德國(guó)Freie Universit?t攻讀博士學(xué)位）在項(xiàng)目的先期探索中做出了重要貢獻(xiàn)，2017級(jí)CLS博士生胡艷萍參與了部分工作。該項(xiàng)目受國(guó)家自然科學(xué)基金委大科學(xué)裝置科學(xué)研究聯(lián)合基金重點(diǎn)支持項(xiàng)目、北京結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心、清華-北大生命科學(xué)聯(lián)合中心的經(jīng)費(fèi)支持。美國(guó)阿貢國(guó)家實(shí)驗(yàn)室先進(jìn)光源12-ID-B線站為小角X射線散射數(shù)據(jù)的收集提供了支持。