2023.8.28-9.1|實用生物信息學(xué)研討班
生物信息學(xué)是一門新興的交叉學(xué)科，它的出現(xiàn)和發(fā)展，與生物技術(shù)的迅速發(fā)展密不可分。生物信息學(xué)可以幫助我們理解生命科學(xué)領(lǐng)域中的大量數(shù)據(jù)，包括基因、基因組、蛋白質(zhì)、代謝等多個層面的信息。掌握生物信息學(xué)的相關(guān)知識和技能，可以幫助我們更好地理解和解釋生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)，并為生命科學(xué)研究提供重要支持。
本期實用生物信息學(xué)研討班是一個系統(tǒng)、全面的培訓(xùn)課程，旨在幫助生物醫(yī)學(xué)研究者和生物信息學(xué)初學(xué)者全面掌握生物信息學(xué)相關(guān)的知識和技能，包括生物信息學(xué)和各組學(xué)知識以及多類測序數(shù)據(jù)的實例分析等。如有更多關(guān)注信息或是科研難點(diǎn)問題，可與授課老師進(jìn)行互動討論。
協(xié)辦單位：
北京市基因測序與功能分析工程技術(shù)研究中心
云計算關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用北京市重點(diǎn)實驗室
工業(yè)和信息化人才培養(yǎng)工程培訓(xùn)基地
北京市大數(shù)據(jù)教學(xué)實踐基地
舉 辦 地：北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓
課程安排：2023.8.28-9.1（周一—周五）??上午9:30-12:00 ?下午13:30-17:00
| 日期 | 主題 | 內(nèi)容 | 備注 |
| 第一天 | 組學(xué)及生物信息學(xué)概述 | 1、組學(xué)研究概述（基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)及相關(guān)技術(shù)介紹）
2、實驗設(shè)計及測序原理 3、生物信息學(xué)背景知識介紹 |
理論 |
| Linux服務(wù)器使用入門 | 1、掌握Linux系統(tǒng)下的常用命令（重點(diǎn)講解）
2、掌握Linux環(huán)境下軟件的安裝使用 3、了解Shell腳本的編寫 |
實戰(zhàn) | |
| R語言入門 | 1、R語言簡介
2、R語言安裝及配置 3、R語言數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 4、R語言數(shù)據(jù)處理 5、R語言繪圖 |
理論+
實戰(zhàn) |
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| 第二天 | 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析 | 1、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)發(fā)展前沿動態(tài)
2、轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用案例及應(yīng)用熱點(diǎn) 3、常用的轉(zhuǎn)錄組實驗設(shè)計及測序建庫技術(shù) 4、轉(zhuǎn)錄組分析方法介紹 |
理論 |
| 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實例（上機(jī)操作） | 1、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備和軟件介紹及安裝
2、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對（重點(diǎn)講解） 3、表達(dá)量估計和分析（重點(diǎn)講解） |
理論+
實戰(zhàn) |
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| 第三天 | 基因組重測序與數(shù)據(jù)分析 | 1、講解基因組重測序的概念、目的與應(yīng)用
2、結(jié)合實例講解其原理、數(shù)據(jù)類型與格式、操作流程、軟件等相關(guān)知識 |
理論 |
| 基因組重測序數(shù)據(jù)分析實例（上機(jī)操作） | 1、對二代測序數(shù)據(jù)的解讀
2、數(shù)據(jù)質(zhì)量控制及數(shù)據(jù)過濾 3、使用BWA和Samtools進(jìn)行數(shù)據(jù)比對并對比對結(jié)果進(jìn)行可視化（重點(diǎn)講解） 4、尋找SNP和Indel并進(jìn)行注釋（重點(diǎn)講解） 5、尋找結(jié)構(gòu)變異并對變異進(jìn)行注釋（重點(diǎn)講解） |
理論+
實戰(zhàn) |
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| 第四天 | microRNA測序與數(shù)據(jù)分析 | 1、microRNA的定義、應(yīng)用和發(fā)展
2、microRNA的生物學(xué)過程 3、microRNA研究的實驗設(shè)計及測序原理 4、microRNA測序數(shù)據(jù)分析軟件（重點(diǎn)講解） 5、microRNA目前的挑戰(zhàn)以及將來的研究前景 6、microRNA測序數(shù)據(jù)分析案例展示（重點(diǎn)講解） 7、近期文獻(xiàn) |
理論 |
| microRNA數(shù)據(jù)分析實例（上機(jī)操作） | 1、microRNA測序數(shù)據(jù)預(yù)處理（重點(diǎn)講解）
2、測序數(shù)據(jù)長度分布計算 3、microRNA的預(yù)測（重點(diǎn)講解） 4、microRNA堿基偏好性計算 5、microRNA靶標(biāo)基因預(yù)測，結(jié)果提取、統(tǒng)計（重點(diǎn)講解） |
理論+
實戰(zhàn) |
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| 第五天 | 10×單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析原理 | 1、單細(xì)胞測序技術(shù)研究現(xiàn)狀及應(yīng)用
2、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組實驗設(shè)計及建庫測序原理（重點(diǎn)介紹10× Genomics） 3、空間轉(zhuǎn)錄組實驗設(shè)計及建庫測序原理 |
理論 |
| 10×單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析流程上機(jī)操作 | 1、10×單細(xì)胞軟件Cellranger處理測序原始數(shù)據(jù)實戰(zhàn)
2、R包Seurat細(xì)胞分群、umap、t-sne、marker基因篩選實戰(zhàn) |
實戰(zhàn) | |
| 蛋白結(jié)構(gòu)與互作分析 | 1、PyMOL
2、Cytoscape |
實戰(zhàn) |
注：內(nèi)容以實際發(fā)生為準(zhǔn)；若調(diào)，會提前通知。
【報名費(fèi)用】
注冊費(fèi)：5400元/人（含當(dāng)期聽課費(fèi)、資料費(fèi)、證書費(fèi)、考試費(fèi)（如有））。
【報名優(yōu)惠政策】
1、3人以上團(tuán)體報名每人可減少300元；
2、4+1團(tuán)報，可免費(fèi)贈送一個名額；
3、上面優(yōu)惠政策不能同時享受，只能享受其中一種；
老學(xué)員參加及推薦學(xué)員參加均可額外優(yōu)惠200元。
【掃碼報名】
【咨詢請聯(lián)系】
【注】開始前一周會發(fā)送郵件通知；若未接到郵件通知，請電話咨詢。
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